Johan giftet seg med Helene Fredrikke Johansdatter Støren 13 Jun 1788, Stjørdal, og ble skilt 13 Apr 1809. Helene (datter av Johan Johansen Svan (Schwanner?), prost og Maren Sabine Wessel) ble født 3 Feb 1768 , Dolm prestegård, Dolmøya, Hitra; døde 5 Mai 1848, Trondheim. [Gruppeskjema] [Familiediagram]

1. Johan Støren Brun ble døpt 23 Aug 1792 , Beitstad, Steinkjer; døde 4 Des 1827, Sparbu.
2. Johan Christopher Brun ble født 20 Mai 1794 , Beitstad, Steinkjer; døde 26 Nov 1865, Herøy, Møre og Romsdal.
3. Lorentz Christopher Brun ble født 8 Apr 1796 , Beitstad, Steinkjer; døde 27 Nov 1854, Trondheim.
4. Pauline Schauer Brun ble døpt 12 Jan 1798 , Beitstad, Steinkjer; døde 1870.
5. Henrik Eilert Christian Brun ble døpt 23 Mai 1799 , Beitstad, Steinkjer.
6. Maren Sabine Brun ble døpt 19 Jul 1800 , Beitstad, Steinkjer; døde 5 Sep 1882, Trondheim.